Par deux fois dans leur histoire, les Archives de la Ville de Neuchâtel ont connu une catastrophe qui les a amputées d'une partie de leurs fonds anciens : en 1450, le grand incendie de la ville voit notamment la charte de franchises partir en fumée et en 1579, une violente crue du Seyon emporte l'hôtel de ville et les archives qui y étaient conservées.

Malgré tout, les AVN conservent encore des archives médiévales, ce qui nous renseigne sur l'histoire de la conservation des fonds, manifestement divisés en plusieurs "archives" distinctes qui n'étaient pas toutes conservées au même endroit, ce qui a permis à chaque fois d'en préserver une partie. Certaines archives ont aussi rejoint les AVN après l'une ou l'autre catastrophe. C'est ainsi, par exemple, qu'un acte de 1225 existe toujours : Berthold, seigneur de Neuchâtel, y donne des droits au chapitre collégial du lieu, droits qui sont passés à l'hôpital de la ville après la Réforme au XVI^e siècle, avec les documents y relatifs. Inconnu des grandes séries d'édition de sources médiévales sous sa forme originale - il n'était connu que par des copies - cette charte a été retrouvée à la faveur d'une récente reprise d'inventaire.